• PDBでタンパク質を検索し、FASTA Sequenceをダウンロードする

    • 以下はコラーゲンの例

    image.png

  • ORSO SLD DatabaseのBioBlenderにアクセスし、”Fill from PDB CIF/FASTA file”より先ほどダウンロードしたファイルを選択する

    image.png

  • 以下の通り計算結果が表示される

    image.png

  • $\sum b$が知りたい時は表の下にある”Download full record as JSON”のリンクを押してJSONファイルをダウンロードし、”fu_b”の値を参照する（単位はfm）

    • ちなみに”fu_volume”は分子当たりの体積（単位は$\mathrm\AA$）で、fu_b/fu_volumeがSLDとなる。
        "formula": "C118H158Hx24N33O32",
    "density": 1.34825504213383,
    "fu_dens": 0.00031532663698795646,
    **"fu_volume": 3171.314702595816,**
    "fu_mass": 2574.911439284988,
    **"fu_b": "(598.2737999999999-0.034386061911812794j)",**
    "rho_n": "(1.8865166535200526e-06-1.084284126191159e-10j)",